Genòmica d’Alt Contingut i Bioinformàtica
La unitat té estacions de treball dedicades a l'anàlisi de dades i fa ús dels recursos de computació d'altes prestacions allotjades al centre de processament de dades de l'IGTP. A part de disposar d’infrastructura de laboratori per a poder fer control de qualitat i preparació de mostres per a assaigs d'anàlisi genòmica d'alt contingut, la unitat està coordinada amb altres grans unitats de serveis cientificotècnics de genòmica com el CRG-CNAG.
Manipulació robòtica de líquids
Robot de manipulació de líquids Sciclone NGS (PerkinElmer)
Robot que disposa de capçal de 96 puntes d'un sol ús i agafador de plaques. Preprogramat amb protocols per a execució automàtica d'aplicacions de biologia molecular, especialment per a seqüenciació de nova generació (NGS). Permet manejar fins a 96 mostres simultàniament. Emprat per a preparació i quantificació de genoteques NGS, i per a disposició de reaccions de qPCR en placa de 384 micropouets.
Robot de manipulació de líquids Evo-150 (Tecan)
El robot està equipat amb 8 puntes fixes i preparat per a processat automàtic de mostres per a assaigs Infinium d'Illumina. Permet manejar fins a 384 mostres en paral·lel.
Quantificació i cisallament de àcids nucleics
Qubit (Thermofisher)
Fluorímetre de tub individual. Emprat per a quantificació precisa d'àcids nucleics a partir de 1-20 µl de mostra. Discrimina entre ADN de cadena senzilla i doble, i ARN.
Computació per a anàlisi bioinformàtica de dades
Estacions de treball HP xw8600, xw4600, Z600, Z440 (Hewlet Packard)
Estacions de treball d'informàtica d'altes prestacions amb sistema operatiu Linux. Emprades per a càlcul local o mitjançant accés remot a sistemes de nodes de càlcul i emmagatzematge centralitzats al centre de processament de dades computacionals de l'IGTP (HPC) per a l'anàlisi bioinformàtica de dades genòmiques generades per arrays o NGS.
Dell Precision T7500 (Dell)
Servidor informàtic d'alt rendiment amb sistema operatiu Linux per a suportar dades de seqüenciació de nova generació i altres anàlisis de dades amb ús intensiu de memòria.
Anàlisi i selecció per mida automatitzada d’àcids nucleics
Bioanalyzer 2100 (Agilent)
Sistema de nanoelectroforesi automatitzada per xips microfluidic 'lab-on-a-chip'. Emprat per a anàlisi d’integritat i determinació de mida d'ADN i ARN. Permet la separació i determinació de perfils de mida d'11-12 mostres per ús.
Pippin Prep (SAGE)
Sistema d'electroforesi i elució automatitzada. Emprat per a selecció per mida de genoteques d'ADN en aplicacions d'NGS. Permet la separació de fins a 4 pools de genoteques per ús i l'elució de fraccions de mides predeterminades amb condicions independents per a cada pool.