Servei d'anàlisi genètica

Duem a terme l'estudi genètic d'interès en base a diverses aproximacions tècniques en funció del resultat final esperat per l'investigador:

a) Deep Sequencing (NGS)

Emprada per a la determinació de seqüències d'ADN i ARN per a estudiar les variacions genètiques associades a fenòmens biològics. Inclou la preparació de llibreries i posterior seqüenciació d'alt rendiment (seqüenciació paral.lela i massiva alhora) de la regió genòmica d'interès. La profunditat de lectures obtingudes permet augmentar molt el nivell de detecció.

La preparació de les llibreries es duu a terme mitjançant diverses aproximacions en funció del que es pretengui obtenir i de la qualitat/quantitat de mostra disponible.

Aplicacions: ADN genòmic sencer (whole genome sequencing, WGS) de mostres humanes i de genomes senzills sencers (small genomes); b) exomes; c) panells de disseny a la carta; d) transcriptómica, RNA profiling i small RNAs/miRNAs-seq; e) perfils metagenòmics (shotgun, 16S, ITs).

La seqüenciació es duu a terme amb dos seqüenciadors MiSeq® Personal Sequencer (Illumina), un equip NextSeq-2000 (Illumina) i un seqüenciador MinION (Oxford Nanopore).

b) Seqüenciació Sanger

És la tècnic gold standard del diagnòstic genètic quan es volen analitzar regions concretes del genoma. Permeten tant la seqüenciació basada en el mètode Sanger, com l'anàlisi de fragments gènics (genescan).

Les aplicacions més habituals són: a) seqüenciació de novo de DNA; b) detecció/confirmació de mutacions; c) estudis de discriminació al·lèlica (SNPs); d) anàlisi de perfils de metil·lació gènica en illes CpG d'ADN genòmic (MSP); e) anàlisi del nombre variable de còpies gèniques (CNVs); f) anàlisi de microsatèl·lits (STRs, VNTRs); g) PCR mediada per lligació i Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification (MLPA).

Es realitza en l'analitzador genètic ABI 3130xl (Applied Biosystems).

c) Electroforesi capil·lar per anàlisi de qualitat d'àcids nucleics

Disposem d'un bioanalitzador 4150 TapeStation (Agilent) que és un sistema automatitzat d'anàlisi qualitativa i quantitativa d'àcids nucleics basats en electroforesi capil·lar.

S'ofereix l'anàlisi de qualitat/quantitat de: a) gDNA (inclòs el càlcul d'integritat DIN; b) fragments d'ADN (entre 150-5000bp); c) ARN en formats estàndard i d'alta sensibilitat (inclòs el càlcul d'integritat RIN); d) cfRNA.

d) Amplificació d'àcids nucleics

• PCR a temps real, permet determinar la quantitat d'ADN, ARN o miRNAs presents a la mostra original (qPCR) o identificar qualitativament mostres d'ADN específics (genotipificació).
  
  Les aplicacions principals són: a) quantificació absoluta/relativa de perfils d'expressió gènica diferencial; b) estudis de discriminació al·lèlica (SNPs); c) anàlisi de perfils de metil·lació gènica en illes CpG; d) determinació del nombre de còpies gèniques en ADNs genòmics (CNVs) o virals; e) quantificació de dosi gènica (QFPCR per detecció d'aneuploïdies); f) High Resolution Melting (HRM) per a gene scanning.
   
• PCR digital (dPCR). És una tecnologia que fragmenta cada mostra en més de 20.000 particions en les quals té lloc la PCR. Es pot dur a terme amb l'ús d'intercal·lants de doble cadena o sondes amb marcatge fluorescent i proporciona una quantificació d'àcids nucleics absoluta i ultrasensible. És particularment útil per quantificar fragments gènics de baixa abundància, variants al·lèliques (SNP), virus i bacteris poc representats en una barreja heterogènia, etc.
• Assessorament en el disseny experimental i en la preparación de mostres
• Anàlisi de dades de PCR a temps real i PCR digital
• Interpretació global i assistència per a la publicació de dades

Serveis complementaris

• Quantificació fluorimètrica d'ADN i ARN mitjançant fluorímetre de dos canals.
• Dispensació robotitzada de líquids mitjançant una estació EpMotion 5070 (Eppendorf). Pot preparar dilucions seriades, assajos de PCR, transferència de mostres de tubs a placa (96w i 384w), reformatejat de plaques, etc.

També s'ofereix assessorament en el disseny experimental, preparació de mostres, anàlisi de resultats i interpretació global de dades.