El IGTP s'uneix al nou projecte ISIDORe per a una activitat de recerca creuada: PATH2XNAT

PATH2XNAT és una solució integrada per a l'anàlisi d'imatges de Patòmica Digital (PD) i Transcriptòmica Espacial (ST), que facilita la recerca de la patogènesi de les malalties infeccioses. Fundada pel Programa Conjunt d'Activitats de Recerca 2023-2025 d’ISIDORe, PATH2XNAT és una plataforma de gestió i anàlisi de dades que aprofita les eines de programari de codi obert XNAT i Galaxy, per a accelerar les recerques sobre la patogènesi de les malalties infeccioses.

PATH2XNAT és un consorci pioner coordinat per Erasmus MC (EMC), Centre Mèdic Universitari de Rotterdam, que té com a objectius:

• Millorar la plataforma de gestió de dades XNAT per a donar cabuda a dades de Patòmica Digital (DP) i Transcriptómica Espacial (*ST).
• Establir la connectivitat entre XNAT i la plataforma d'anàlisi Galaxy.
• Demostrar l'eficàcia de PATH2XNAT mitjançant un estudi sobre la patogènesi del SARS-CoV-2.
• PATH2XNAT és un esforç de col·laboració que fusiona les capacitats de tres infraestructures de recerca europees: Euro-BioImaging, ELIXIR, i EATRIS a través d'un consorci format pels següents socis: Institut de Recerca Germans Trias i Pujol (IGTP), EMC i Charité Universitätsmedizin Berlin.

Aquest projecte presenta, per tant, una veritable acció de recerca conjunta. Els socis del consorci compten amb coneixements molt complementaris: EMC, amb el node Population Imaging, ampliarà les capacitats d’XNAT perquè admeti imatges DP i ST i desenvoluparà fluxos de treball Galaxy per a l'anàlisi DP i ST. Charité generarà dades de ST a partir de teixit infectat amb SARS-CoV-2 per a la seva anàlisi, mentre que l'equip de Genòmica d'Alt Contingut i Bioinformàtica de l’IGTP durà a terme anàlisis addicionals de les dades d’ST i servirà com a usuari pilot de la plataforma PATH2XNAT.

"Mitjançant aquest projecte volem incorporar coneixements a l’IGTP en l'anàlisi de dades de transcriptòmica espacial. El projecte ens permet contractar una persona a temps complet. Es generaran dades a partir de mostres de pulmó de pacients amb COVID-19 i s'analitzaran en profunditat a nivell de cèl·lula individual, preservant la histologia del teixit. L'estudi se centra en determinar marcadors predictius de progressió en lesions protrombòtiques que desencadenen la mort del pacient, mitjançant l'estudi de l'expressió de 300 gens humans i del virus SARS-CoV-2, incorporant nous marcadors per a tipus i estats cel·lulars derivats d'atles pulmonars de cèl·lules individuals d'última generació," explica Lauro Sumoy, cap de la plataforma de Genòmica i Bioinformàtica d'Alt Contingut en l’IGTP.

El finançament d’ISIDORe ha permès reunir el consorci, que se centrarà en la creació de PATH2XNAT, una plataforma de gestió i anàlisi de dades que aprofita XNAT i Galaxy, l'objectiu de les quals és accelerar les recerques sobre la patogènesi de les malalties infeccioses. Aquesta plataforma millorada integrarà fluxos de treball de seguiment ràpid i eines de preparació per a avançar en la comprensió de les interaccions entre hoste-patogen que conduiran a enfocaments innovadors de prevenció i tractament de les malalties infeccioses.