Servicio de análisis genético

Llevamos a cabo el estudio genético de interés en base a diversas aproximaciones técnicas en función del resultado final esperado por el investigador:

a) Deep Sequencing (NGS)

Utilizada para la determinación de secuencias de ADN y ARN para estudiar las variaciones genéticas asociadas a fenómenos biológicos. Incluye la preparación de librerías y posterior secuenciación de alto rendimiento (secuenciación paralela y masiva a la vez) de la región genómica de interés. La profundidad de lecturas obtenidas permite aumentar mucho el nivel de detección.

La preparación de las librerías se lleva a cabo mediante diversas aproximaciones en función de lo que se pretenda obtener y de la calidad/cantidad de muestra disponible.

Aplicaciones: ADN genómico completo (whole genome sequencing, WGS) de muestras humanas y de genomas sencillos completos (small genomes); b) exomas; c) paneles de diseño a la carta; d) transcriptómica, RNA profiling y small RNAs/miRNAs-seq; e) perfiles metagenómicos (shotgun, 16S, ITS).

La secuenciación se lleva a cabo con dos secuenciadores MiSeq® Personal Sequencer (Illumina), un equipo NextSeq-2000 (Illumina) y un secuenciador MinION (Oxford Nanopore).

b) Secuenciación Sanger

Es la técnica gold standard del diagnóstico genético cuando se quieren analizar regiones concretas del genoma. Permiten tanto la secuenciación basada en el método Sanger, como el análisis de fragmentos génicos (genescan).

Las aplicaciones más habituales son: a) secuenciación de novo de DNA; b) detección/confirmación de mutaciones; c) estudios de discriminación alélica (SNPs); d) análisis de perfiles de metilación génica en islas CpG de ADN genómico (MSP); e) análisis del número variable de copias génicas (CNVs); f) análisis de microsatélites (STRs, VNTRs); g) PCR mediada por ligación y Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification (MLPA).

Se realiza en el analizador genético ABI 3130xl (Applied Biosystems).

c) Electroforesis capilar para análisis de calidad de ácidos nucleicos

Disponemos de un bioanalizador 4150 TapeStation (Agilent) que es un sistema automatizado de análisis cualitativo y cuantitativo de ácidos nucleicos basados en electroforesis capilar.

Se ofrece el análisis de calidad/cantidad de: a) gDNA (incluido el cálculo de integridad DIN; b) fragmentos de ADN (entre 150-5000bp); c) ARN en formatos estándar y de alta sensibilidad (incluido el cálculo de integridad RIN); d) cfRNA.

d) Amplificación de ácidos nucleicos

• PCR a tiempo real, permite determinar la cantidad de ADN, ARN o miRNAs presentes en la muestra original (qPCR) o identificar cualitativamente muestras de ADN específicos (genotipificación).
  
  Las aplicaciones principales son: a) cuantificación absoluta/relativa de perfiles de expresión génica diferencial; b) estudios de discriminación alélica (SNPs); c) análisis de perfiles de metilación génica en islas CpG; d) determinación del número de copias génicas en ADNs genómicos (CNVs) o virales; e) cuantificación de dosis génica (QFPCR para detección de aneuploidías); f) High Resolution Melting (HRM) para gene scanning.
   
• PCR digital (dPCR). Es una tecnología que fragmenta cada muestra en más de 20.000 particiones en las que tiene lugar la PCR. Se puede llevar a cabo con el uso de intercalantes de doble cadena o sondas con marcaje fluorescente y proporciona una cuantificación de ácidos nucleicos absoluta y ultrasensible. Es particularmente útil para cuantificar fragmentos génicos de baja abundancia, variantes alélicas (SNP), virus y bacterias poco representados en una mezcla heterogénea, etc.
• Asesoramiento en el diseño experimental y en la preparación de muestras
• Análisis de datos de PCR a tiempo real y PCR digital
• Interpretación global y asistencia para la publicación de datos

Servicios complementarios

• Cuantificación fluorimétrica de ADN y ARN mediante fluorímetro de dos canales.
• Dispensación robotizada de líquidos mediante una estación EpMotion 5070 (Eppendorf). Puede preparar diluciones seriadas, ensayos de PCR, transferencia de muestras de tubos a placa (96w y 384w), reformateo de placas, etc.

También se ofrece asesoramiento en el diseño experimental, preparación de muestras, análisis de resultados e interpretación global de datos.