Dos equipos MiSeq® Personal Sequencer (Illumina)

Equipos de secuenciación masiva que pueden generar hasta 25 Gb por uso y 30M de lecturas hasta 2x300bp en un máximo de 384 muestras indexadas. Ambos utilizan la tecnología de secuenciación por síntesis (SBS, Sequencing By Synthesis), que consiste en la amplificación, secuenciación y análisis de datos en un único instrumento mediante los softwares RTA v1.18.54.0 (Real Time Analysis), MCS v2.6.1.1 (MiSeq Control Software), MSR 2.6.2.3 (MiSeq Reporter) y almacenamiento de datos en la nube (BaseSpace).

NextSeq™ - 2000 (Illumina)

Equipo de secuenciación masiva que puede generar hasta 540 Gb por uso y 3.6B de lecturas en carreras paired-end. El sistema utiliza la tecnología de secuenciación por síntesis (XLEAP-SBS chemistry, Sequencing By Synthesis) propia de los equipos Illumina y genera lecturas con un Quality Score >85% de bases superior a Q30. Puede analizar resultados localmente o en conexión remota con el sistema de análisis secundario DRAGEN Bio-IT FPGA.

Sistema MinION (Oxford Nanopore)

Es un equipo de secuenciación masiva basado en el uso de nanoporos suspendidos sobre una membrana que permiten el paso de los ácidos nucleicos (ADN y ARN nativo). La identificación de las bases se realiza calculando los cambios de corriente eléctrica que se producen sobre la membrana. Genera lecturas ultra largas (> 4 Mb) y hasta 50 Gb de datos en carreras de 72 horas a 420 bases/segundo.

Las aplicaciones adecuadas incluyen el estudio de genomas completos/exomas, metagenómica, secuenciación dirigida, transcriptoma completo (ADNc), transcriptomas más pequeños (ARN directo), estudios de metilación, detección de translocaciones cromosómicas, detección de expansiones de tripletes.

ABI Prism 3130xl Genetic Analyzer (Applied Biosystems)

Secuenciador de 16 capilares, para placas de 96w y 384w; unidad de detección con cámara CCD y láser multilínea argón-ion, con líneas de excitación primaria a 488 y 514.5 nm. Software de adquisición Data Collection v3.1 y programas de análisis Sequencing Analysis v5.4, GeneMapper v4.1 y SeqScape 2.7.

4150 TapeStation® (Agilent)

Es un sistema automatizado de electroforesis que analiza los ácidos nucleicos (gDNA, fragmentos o librerías de DNA o RNA), en un soporte capilar (ScreenTape) y escanea las imágenes. Permite a) el cálculo del tamaño de los ácidos nucleicos (en bp); b) la cuantificación; y c) el análisis de calidad mediante el software de análisis GeneTools que proporciona un sistema integrado de comparación de bandas. El sistema utiliza un volumen de muestra muy pequeño (1-2ul) y las lecturas se pueden llevar a cabo en tubos individuales o en placa de 96w.

Estación robotizada EpMotion 5070

Es un sistema robotizado de dispensación de líquidos equipado con dos herramientas de uno y 8 canales que dispensan volúmenes entre 1 y 50µl. Puede pipetear volúmenes de 1-2µl sin contacto y con contacto. Tiene una precisión de menos de 2% cv a 1µL. Dispone de un sensor óptico para la detección y cálculo automático del volumen de líquido, labware y encajes. Es compatible con tubos (0,2 mL a 50 mL) y microplacas de hasta 384 pozos.

qPCR a tiempo real LightCycler®480 (Roche Diagnostics)

Para formatos de placa intercambiables de 96w y 384w. Excitación con lámpara de xenón, que emite longitudes de onda entre 430-630 nm; filtros con excitación 440, 465, 498, 533 y 618 nm y emisión 488, 510, 580, 610, 640 y 660 nm que permiten la detección de fluorescencia para los fluorocromos de uso más habitual (FAM, NED, ROX, SYBR, Tamra y VIC). Programa LightCycler® 480 para adquisición y análisis y LightCycler® Probe Design Software 2.0.1.

QIAcuity One Digital PCR System (Qiagen)

Es una PCR digital basada en el uso de nanoplaques que fragmentan cada muestra en miles de particiones en las que tiene lugar cada reacción de PCR individual o multiplexada. Tiene un sistema detector de hasta 5 fluorescencias (instrumento 5plex) y está dotada con el Software de carga y de análisis QIAcuity Software Suite. En las nanoplaques se pueden cuantificar entre 24 y 96 muestras y se pueden obtener entre 8.5K y 26K particiones por muestra. El sistema está diseñado para la detección de mutaciones, la variación del número de copias (CNV), los estudios de expresión génica, el análisis de edición de genes, etc.