El IGTP se une al nuevo proyecto ISIDORe para una actividad de investigación cruzada: PATH2XNAT

PATH2XNAT es una solución integrada para el análisis de imágenes de Patómica Digital (PD) y Transcriptómica Espacial (ST), que facilita la investigación de la patogénesis de las enfermedades infecciosas. Fundada por el Programa Conjunto de Actividades de Investigación 2023-2025 de ISIDORe, PATH2XNAT es una plataforma de gestión y análisis de datos que aprovecha las herramientas de software de código abierto XNAT y Galaxy, para acelerar las investigaciones sobre la patogénesis de las enfermedades infecciosas.

PATH2XNAT es un consorcio pionero coordinado por Erasmus MC (EMC), Centro Médico Universitario de Rotterdam, que tiene como objetivos:

• Mejorar la plataforma de gestión de datos XNAT para dar cabida a datos de Patómica Digital (DP) y Transcriptómica Espacial (ST).
• Establecer la conectividad entre XNAT y la plataforma de análisis Galaxy.
• Demostrar la eficacia de PATH2XNAT mediante un estudio sobre la patogénesis del SARS-CoV-2.

PATH2XNAT es un esfuerzo de colaboración que fusiona las capacidades de tres infraestructuras de investigación europeas: Euro-BioImaging, ELIXIR, y EATRIS a través de un consorcio formado por los siguientes socios: Instituto de Investigación Germans Trias i Pujol (IGTP), EMC y Charité Universitätsmedizin Berlin.

Este proyecto presenta, por tanto, una verdadera acción de investigación conjunta. Los socios del consorcio cuentan con conocimientos muy complementarios: EMC, con el nodo Population Imaging, ampliará las capacidades de XNAT para que admita imágenes DP y ST y desarrollará flujos de trabajo Galaxy para el análisis DP y ST. Charité generará datos de ST a partir de tejido infectado con SARS-CoV-2 para su análisis, mientras que el equipo de Genómica de Alto Contenido y Bioinformática del IGTP llevará a cabo análisis adicionales de los datos de ST y servirá como usuario piloto de la plataforma PATH2XNAT. 

"Mediante este proyecto queremos incorporar conocimientos al IGTP en el análisis de datos de transcriptómica espacial. El proyecto nos permite contratar a una persona a tiempo completo. Se generarán datos a partir de muestras de pulmón de pacientes con COVID-19 y se analizarán en profundidad a nivel de célula individual, preservando la histología del tejido. El estudio se centra en determinar marcadores predictivos de progresión en lesiones protrombóticas que desencadenan la muerte del paciente, mediante el estudio de la expresión de 300 genes humanos y del virus SARS-CoV-2, incorporando nuevos marcadores para tipos y estados celulares derivados de atlas pulmonares de células individuales de última generación," explica Lauro Sumoy, jefe de la plataforma de Genómica y Bioinformática de Alto Contenido en el IGTP.

La financiación de ISIDORe ha permitido reunir el consorcio, que se centrará en la creación de PATH2XNAT, una plataforma de gestión y análisis de datos que aprovecha XNAT y Galaxy, cuyo objetivo es acelerar las investigaciones sobre la patogénesis de las enfermedades infecciosas. Esta plataforma mejorada integrará flujos de trabajo de seguimiento rápido y herramientas de preparación para avanzar en la comprensión de las interacciones entre huésped-patógeno que conducirán a enfoques innovadores de prevención y tratamiento de las enfermedades infecciosas.